Český národ se s okupací nesmířil. Byla to doba krutosti, bolesti a utrpení. Hned 15. března 1939 začalo zatýkání. Po demonstracích 28. října a 15. listopadu 1939 byly 17. 11. zavřeny vysoké školy, vůdci studentů byli postříleni a mnoho studentů šlo do koncentračních táborů. V září 1939 přepadli Němci Polsko a vypukla II. světová válka. V roce 1940 si německá branná moc podrobovala jeden evropský stát za druhým. V červnu 1941 přepadl Hitler SSSR. To se mu později stalo osudným. V protektorátu stoupala odbojová činnost, která vyvrcholila 27. 5. 1942 atentátem na říšského protektora Reinharda Heydricha. Německý teror zesílil, každý den se popravovalo, byly zničeny a vypáleny Lidice, Ležáky a další vesnice. Teprve po porážce Němců u Stalingradu a po otevření druhé fronty spojenci se karta obrátila.
V únoru 1940 se na železniční stanici ve Čkyni objevil nápis Čkyně – Kieselhof. V srpnu 1939 byla rozpuštěna organizace československých legionářů. V dubnu 1941 byla zastavena činnost TJ Sokol a o rok později TJ Orel. Už v červenci 1939 byla v blízkosti nádraží zahájena stavba domu pro uprchlíky stavitelem Pavlem Šlemarem. Bylo v něm 18 malých bytů a 15 pokojů pro letní hosty. Teprve po roce 1940 byl úplně dokončen. Stojí u nás dosud a lidé mu dodnes říkají Uprchlák.
V roce 1942 bylo rozpuštěno obecní zastupitelstvo a vládním komisařem byl jmenován Jan Čech. V únoru 1942 zemřel spolumajitel panství Čkyně, ministerský rada dr. Richard Claudi a novým majitelem statku se stal Fritz Bayer, který vlastnil už polovinu statku po své matce Marii, rozené Claudi.
Počátkem roku 1945 byli zatčeni funkcionáři hasičského sboru Vojtěch Suchel a Vojtěch Toman a byli uvězněni v Terezíně, odkud se pak šťastně vrátili v květnu. Konec války předznamenávali váleční uprchlíci. V listopadu 1944 přijelo do Čkyně 111 uprchlíků ze Sedmihradska a v únoru 1945 200 uprchlíků z Horního Slezska. Ubytováni byli ve škole a stravovali se v hostincích u Králíčků, Martanů a Černých. Američtí hloubkaři 2. 4. 1945 napadli lokomotivu na nádraží a prostříleli jí kotel. Také budova vedle stojícího hospodářského družstva dostala 20 zásahů. Od 15. dubna přes Čkyni projížděly dnem i nocí německé transporty ustupující na západ. Při ústupu německé armády došlo k tragické události, když při pokusu o odzbrojení Němců byl postřelen četnický strážmistr Václav Chlada, který svému zranění podlehl o týden později ve volyňské nemocnici. Na hasičském domě má dodnes pamětní desku.
V neděli 6. května osvobodila Čkyni americká armáda. Tanky a technika projížděly Čkyní celý den. Místní obyvatelé Američany srdečně vítali.
Statkář Bayer se na projíždějící Američany musel za trest dívat z četnické stanice. Později byl i s rodiči odvezen do Strakonic. (Někteří lidé rychle zapomněli na to, jak jim v době nouze pomáhal a pořádal taneční zábavy pro mladé v utajení na různých sýpkách). Později byl na základě dekretů prezidenta Beneše odsunut do Bavorska. V místě zůstala americká posádka, která zde setrvala až do podzimu.
Z knihy Čkyně 1537 – 1987 vybral J. Lávička
Fotografie z příjezdu americké armády – archiv Vladislava Hoška:
